Основными положениями мичуринской биологии были следующие: 1) условия жизни растений и животных влияют на их наследственность; 2) определённые изменения условий жизни могут вызывать определённые изменения наследственности; 3) путём сознательного изменения условий жизни — "воспитания" — растений и животных можно получать направленные изменения их наследуемых признаков; 4) некоторые приобретённые признаки наследуются; 5) за передачу наследственных признаков отвечают не только хромосомы, но и другие части клетки; основой наследственности живых организмов является вся клетка; 6) в клетке в сжатом виде хранится воздействие внешней среды на организм и его отклики на это воздействие на протяжении ряда поколений.
Главным положением мичуринской биологии, к тому же имевшим наибольшее значение для сельскохозяйственной практики, было утверждение о возможности направленного изменения наследственных признаков организма путём воздействия на его условия жизни.
В 1910-40-х гг. среди генетиков, особенно далёких от практической селекционной работы, доминировали взгляды Вейсмана и Моргана ("вейсманизм", "формальная генетика"), почти во всех перечисленных пунктах существенно расходившиеся с мичуринской биологией. А именно, вейсманисты: 1) сначала отрицали, а с конца 1920-х гг. признавали, но считали крайне незначительным влияние внешней среды на наследственность; внешняя среда была для них только фактором отбора в эволюции; 2) утверждали, что изменения генетического аппарата под влиянием внешней среды имеют неопределённый-слу-чайный характер; и, таким образом, 2) направленное изменение наследственности организма путём внешнего воздействия невозможно; 3) наследование приобретённых телом признаков исключено; 4) наследственной "основой" организма является некоторая "зародышевая плазма", расположенная на хромосомах.
Очевидно, что взгляды мичуринцев и вейсманистов существенно противоречили друг другу.
Основными фактами, установленными во второй половине XIX века в отношении наследственности можно было считать, во-первых, деление обычных клеток; во-вторых, объединение половых клеток с последующим зарождением нового организма и поведение при этом хромосом; в-третьих, статистические законы наследования (некоторых) признаков, установленные Менделем.
Наблюдавшееся Менделем а затем и другими исследователями соотношение 3:1 для расщепления признаков во втором поколении гибридов послужило основой для выдвижения предположения о существовании у живых организмов некоторых внутренних факторов/дискретных единиц наследственности, отвечающих за проявление каждого признака. Статистический характер соотношения 3:1 интерпретировался как результат случайного комбинирования этих факторов, получаемых от каждого из родителей.
В конце XIX века А. Вейсман (1834–1914 гг.) высказал предположение о существовании особого "наследственного вещества", назвав его зародышевой плазмой. Основными свойствами зародышевой плазмы, по Вейсману, были 1) порождение из неё тела; 2) неизменность в течение жизни и полная независимость от любых изменений этого тела. "Зародышевая плазма вида никогда не зарождается вновь, но лишь непрерывно растет и размножается, она продолжается из одного поколения в другое… тело спускается почти до уровня простого питомника зародышевых клеток, места, где они образуются, при благоприятных условиях питаются, размножаются и созревают". Зародышевую плазму Вейсман предполагал находящейся в ядре клеток, а именно, в хромосомах. "Искомый носитель наследственности заключается в веществе хромосом".
В 1902 году У. Сэттон высказал предположение, что гипотетические дискретные единицы/факторы наследственности, соответствующие наследуемым признакам, размещаются внутри или на поверхности хромосом. Примерно тогда же для этих гипотетических сущностей был предложен термин ген.
В экспериментах, проводимых с 1908 года, Т. Морган установил факт, что некоторые (внешние) наследуемые признаки могут быть соотнесены с участками хромосом и высказал предположение, что гипотетические гены являются участками хромосом. "Ген представляет собой определённое скопление вещества внутри хромосомы". "Гены нанизаны на хромосоме, подобно бобам на нитке". Как и Вейсман, Морган считал, что гены являются образованиями постоянными. "Ген сам по себе постоянен, даже если признаки варьируют"; "каждый ген, полученный гибридом от родителя остаётся неизменным в новой для него среде".
Вопрос об изменчивости — разнообразии наследственных признаков внутри вида, изменении признаков у потомков по сравнению с родителями — привлекал внимание многих натуралистов и биологов XIX века.
Довольно быстро была замечена связь изменчивости признаков с различиями в условиях среды обитания живых организмов. Например, сходные растения, произраставшие в разных климатических зонах, могли иметь разный вегетационный период. Рыбы, обитавшие в подводных пещерах, видели хуже, чем рыбы у поверхности воды. Был также замечен приспособительный характер изменчивости — например, длинная шея у жирафа позволяла ему добывать пищу с высоких деревьев.