Зато противники Т. Д. Лысенко охотно пользовались пристрастиями и капризами "нашего дорогого Никиты Сергеевича" чтобы войти к нему в фавор и повысить свой общественно-политический статус. Целинная, как и кукурузная кампании поддерживались, в основном, научными оппонентами мичуринцев, вейсманистами.
В 1956 году Т. Д. Лысенко покинул пост президента ВАСХНИЛ.
В начале 1960-х гг. данные по сбору зерновых и технических культур показали его заметное снижение. Видимо, это послужило причиной решения Хрущёва вернуть Т. Д. Лысенко в 1961 году на пост президента ВАСХНИЛ. Хотя снова, и уже окончательно он ушёл в отставку в следующем году, однако до конца своего пребывания у власти Н. Хрущёв всё же ценил Т. Д. Лысенко и общее направление работ его соратников. В феврале 1964 года, на пленуме ЦК КПСС, он говорил: "Лысенко показал на практике, что использование его теории даёт хозяйству высокие урожаи, даёт зерно, мясо, молоко. Посмотрите на кукурузу в Горках Ленинских, на сахарную свеклу, посмотрите его хозяйство — учиться нужно у таких учёных".
Оппоненты Лысенко продолжали критиковать его научные и мировоззренческие концепции. С начала 1960-х гг. эта критика стала переходить в кампанию диффамации работ и личности Лысенко, несколько сдерживавшуюся лишь его высоким научно-административным положением и поддержкой со стороны Хрущёва. После отставки Хрущёва против Лысенко была развернута настоящая информационная война, с навешиванием идеологических ярлыков и приписыванием политических обвинений.
В 1965 году Т. Д. Лысенко подал в отставку с поста директора Института генетики АН СССР. Сам институт был реорганизован в Институт общей генетики; его возглавил Н. П. Дубинин.
Оставшуюся часть жизни Т. Д. Лысенко работал научным руководителем фермы "Горки Ленинские", где продолжал свои исследования в области агротехники и повышения жирномолочности у коров.
Требования Т. Д. Лысенко о соединении науки с производством привели к отстранению от привычных государственных кормушек многих "чисто академических учёных", в результате чего он нажил себе немало личных врагов. Занимаясь развитием сельского хозяйства, разрабатывая и внедряя методы повышения урожайности зерновых и овощных культур, способствуя процветанию своей страны, он нажил ещё больше врагов, уже не только личных, но и общественных. Наконец, критикуя доктрины Вейсмана, являвшиеся в те годы псевдонаучной основой расизма и евгеники, утверждая в советской биологии прямо противоположные вейсманизму положения о возможности изменения наследственности под влиянием изменений в условиях жизни, он нажил новых врагов, идеологических, гораздо более опасных и злопамятных. Все эти группы постарались создать в обществе искажённое представление о теоретических взглядах, практических работах, общественно-политической позиции Т. Д. Лысенко.
Однако даже такой непримиримый научный оппонент Т. Д. Лысенко как Н. П. Дубинин отмечал пользу от его деятельности: "Введение яровизации в агротехнику — бесспорная заслуга Лысенко". "В чём правы лысенковцы в своей критике генетики <вейсманизма>? Первое — искусственная связь генетики с евгеникой, ставшей в 1930-х гг. прислужницей расовых теорий — одной из основ гитлеровского национал-социализма. Второе — распространенный среди генетиков в 20-30-х гг. автогенез, по которому из источников наследственной изменчивости исключалось влияние естественных внешних факторов. Третье — наличие определённого отрыва в развитии генетики от непосредственных задач сельского хозяйства".
Что касается друзей и коллег, то они отзывались об академике Т. Д. Лысенко с неизменным уважением.
"Я хорошо знал Трофима Денисовича Лысенко, его сильные и слабые стороны. Могу твёрдо сказать: это был крупный, талантливый учёный, много сделавший для развития советской биологии" (И. А. Бенедиктов).
"В том, что Т. Д. Лысенко — честный, высокопорядочный человек, большой учёный, который много сделал для советской и мировой сельскохозяйственной науки, глубоко были убеждены академики Ремесло, Кириченко, Лукьяненко, Пустовойт, Мальцев — его ученики.
Они мне многократно говорили лично, что глубоко уважали Трофима Денисовича, без его поддержки и помощи не состоялись бы как учёные" (Ф. Т. Моргун).
"Вся жизнь академика Т. Д. Лысенко — учёного, биолога — была посвящена познанию и раскрытию закономерностей взаимоотношения живой природы, в том числе культурных растений, с условиями среды… Потомственный крестьянин, он хорошо знал и любил землю. Ни одна из его рекомендаций не принесла вреда или была бесполезна, наоборот, они способствовали улучшению экологической обстановки" (М. В. Алексеева).
"Талант Трофима Денисовича Лысенко вызывал зависть к нему со стороны ординарных учёных, а так как серые, бесталанные, но остепенённые быстро группируются в "стаи", то они зачастую и побеждают в этой борьбе. То же случилось и с Трофимом Денисовичем, которого по сей день бездарные чиновники от науки, которые не дали ничего серьёзного ни для теории, ни для практики, обливают грязью… Вызывает изумление, что такие люди, не внесшие и сотой доли процента от вклада Т. Д. Лысенко, пытаются очернить имя Трофима Денисовича" (П. Ф. Кононков).
Источниками взглядов Т. Д. Лысенко на проблемы наследственности и изменчивости в живой природе были, прежде всего, практические работы и теоретические представления выдающихся биологов и селекционеров XIX–XX вв. Ч. Дарвина, И. В. Мичурина, Л. Бербанка. Творчески осмыслив их богатое наследие, проверив и углубив его в собственной селекционной практике, Т. Д. Лысенко развил теорию, получившую название мичуринской биологии (или генетики). Иногда мичуринская биология называется также биологией развития.