Открытое письмо Учёного совета ВИРа полностью проигнорировало эту критику. Эмоционально осуждая работы профессора В. И. Пыженкова — "сомнительные творения", "опусы", "верх крайнего цинизма"… — авторы письма никаких конкретных опровергающих доводов не привели. Было бы бесполезно искать в Открытом письме Учёного совета ВИРа перечень интродуцированных Н. Вавиловым в результате его многочисленных дорогостоящих экспедиций ценных зарубежных сельскохозяйственных культур, или созданных в те годы — когда страна крайне нуждалась в увеличении объёма производства сельскохозяйственной продукции — на основе его теоретических исследований новых сортов растений, или разработанных им новых агротехнических приёмов повышения урожайности. Вместо этого, авторы Открытого письма пространно рассуждали о больших заслугах Н. Вавилова перед мировой наукой, привели похвальный отзыв о его работах американского евгеника Давенпорта, и даже сообщили читателям, что "известный международный журнал "Heredity" включил Н. Вавилова в почётную рамку своей титульной обложки". Но каким образом всё это может свидетельствовать о вкладе Вавилова в решение острых сельскохозяйственных проблем СССР 1930-х годов? Предъявляя, вместо ответа на вопросы: "какие интродуцированы культуры? какие разработаны агротехнические приёмы? что сделано для повышения урожайности в сельском хозяйстве СССР 1930-х годов?" портрет Н. Вавилова на обложке "известного международного журнала", авторы Открытого письма, по сути, дискредитируют Н. Вавилова.
Для сравнения стоит отметить, что Т. Д. Лысенко, в ответ на подобные вопросы, мог бы предъявить не свой портрет в иностранном журнале, а 1) технологию яровизации зерновых; 2) чеканку хлопчатника; 3) новую агротехнику проса; 4) летние посадки картофеля в южных областях СССР; 5) посевы по стерне; посадки верхушек клубней картофеля и многое другое.
Счета в банках. Нельзя не признать компрометацией Н. Вавилова и едва ли не демонстративно проявляемое авторами писем "в его защиту" незнакомство с хорошо известными фактами его биографии. Так, сотрудники Института общей генетики, выражая удивление по поводу сообщений о том, что Н. Вавилов имел счета в западных банках, пишут в вышеупомянутой статье: "Откуда такая информация? Подобного обвинения не найти даже в материалах следственного дела
Н. И. Вавилова". Между тем, именно в материалах следственного дела
Н. И. Вавилова, точнее, в Справке НКВД на Н. Вавилова, составленной в июле 1940 г., незадолго до его ареста, можно прочесть: "ВАВИЛОВ имеет в Германии и Франции в банках свой текущий счет и вклады".
Аналогично, авторы Открытого письма Учёного совета ВИРа утверждают: "общеизвестно лояльное отношение Н. И. Вавилова к Советской власти и правительству". Между тем, "общеизвестно" как раз обратное. В той же Справке можно прочитать: "Политические взгляды ВАВИЛОВА резко враждебны коммунистической партии и советской власти. В узком кругу лиц, которым ВАВИЛОВ доверяет, ведутся беседы о кризисе советской власти, о гибельности коллективизации, о нежелании подвергаться "критике курьеров и дворников", об "изменении политического курса". По адресу т. СТАЛИНА ВАВИЛОВ иначе как в контрреволюционном клеветническом тоне не говорит". Совет, данный Н. Вавиловым в 1930 году командированному в США Ф. Доб-жанскому "остаться за рубежом" (что тот и сделал) также вряд ли можно считать примером "лояльности к Советской власти" (сталинскому режиму).
Такое циничное незнание важных фактов биографии Н. И. Вавилова авторами писем в его "защиту" также является, по сути, его дискредитацией. Впрочем, вопрос о том, делается это сознательно, или всё же по невежеству, остаётся, опять-таки, открытым.
Письмо Презента и письмо Вавилова. Сотрудники Института общей генетики в цитированной выше статье упоминали письмо И. Презента председателю правительства СССР В. М. Молотову с критикой деятельности Н. Вавилова. Они выражали возмущение этим письмом (и припиской на нём Т. Д. Лысенко "с текстом письма согласен") и считали, что оно сыграло роль в аресте и осуждении Н. Вавилова.
Несообразность такой аргументации очевидна. Во-первых, разве письмо Презента направлено в карательные органы? Нет, оно направлено в правительство. Во-вторых, в какую ещё инстанцию, как не в правительство, должен был направлять И. Презент письмо с критикой директора крупнейшего института, притом по организационным вопросам — о его деятельности в связи с планируемым международным конгрессом генетиков? Или письмо с критикой деятельности Вавилова следовало направить самому Вавилову? Или вопрос об участии советских учёных в этой конференции и её программе — личное дело Вавилова, в которое нельзя вмешиваться? И, наконец, что могла критика Презентом деятельности Вавилова, связанной с подготовкой этого конгресса, прибавить к оценке деятельности Вавилова, данной НКВД: "Политические взгляды ВАВИЛОВА резко враждебны коммунистической партии и советской власти. По адресу т. СТАЛИНА ВАВИЛОВ иначе как в контрреволюционном клеветническом тоне не говорит. враждебная работа в системе Всесоюзного Института Растениеводства, направленная к подрыву и запутыванию семенного, селекционного дела в СССР, проводилась непосредственно и по прямому указанию ВАВИЛОВА Н. И., директора ВИРа. Свою вредительскую, подрывную работу ВАВИЛОВ проводил, опираясь на специально подобранные и расставленные на руководящих участках ВИРа кадры, создав из них контрреволюционную организацию, частично вскрытую и ликвидированную органами НКВД в 1933 г.".