Между тем, начала приносить плоды деятельность либерально-космополитической группировки по восстановлению своего влияния в идеологическом аппарате, прессе, других СМИ, отчасти утраченного ею в 1930-40 гг., во время правления Сталина. К 1960-м гг. ряд популярных художественно-литературных и общественно-политических изданий оказался под её контролем, в результате чего противники Т. Д. Лысенко получили возможность выносить слухи и сплетни, распространявшиеся ими ранее, в основном, в среде демократической интеллигенции, на широкую общественную трибуну. При этом к предыдущим искажениям научной и исторической истины они добавили голословные клеветнические обвинения Т. Д. Лысенко в причастности к арестам ВИРовцев в 1930-х гг., в том числе, к аресту Вавилова.
Сходные диффамационные методы применялись и против коллег Т. Д. Лысенко. Например, в 1964 году таким приёмом был провален на выборах в АН СССР Н. И. Нуждин. Выступивший на собрании Академии А. Сахаров сказал: "Я призываю всех присутствующих академиков проголосовать так, чтобы единственными бюллетенями, которые будут поданы за <избрание Н. И. Нуждина> были бюллетени тех лиц, которые вместе с Нуждиным, вместе с Лысенко несут ответственность за те позорные тяжёлые страницы в развитии советской науки". Двусмысленный грязный намёк о "позорных страницах" дополнился приватными клеветническими слухами об ответственности Лысенко за процессы против ВИРовцев — и Н. И. Нуждина забаллотировали.
Когда Т. Д. Лысенко покинул высокие научно-административные посты, его многочисленные недруги постарались припомнить ему все свои обиды. Начиная с середины 1960-х гг. в научной и научно-популярной печати взгляды Лысенко систематически дискредитировались, осуждались, высмеивались, назывались вредными, ненаучными, шарлатанским и т. д. Дело доходило до смешного абсурда: Лысенко обвиняли в "извращении взглядов Мичурина" лица, которые ненавидели самого Мичурина, как русского учёного, не меньше, чем Лысенко.
В январе 1965 года была образована комиссия Академии наук "по проверке работы фермы "Горки Ленинские"", давшая тенденциозно отрицательное заключение о работе фермы и заодно осудившая теоретические взгляды Лысенко. Этот отчёт был оперативно и повышенным тиражом опубликован в научной печати. Позже работе Лысенко на ферме постоянно мешали административными методами.
В центральную печать не пропускались положительные отзывы о научных взглядах Лысенко, о его вкладе в развитие сельского хозяйства страны. Академик, Герой Социалистического труда В. Н. Ремесло публиковал информацию о том, что при выведении своих всемирно известных мироновских сортов пшениц он пользовался методами, разработанными Т. Д. Лысенко, не в газетах "Правда" или "Сельская жизнь" а в сочинской "Черноморской здравнице" (статья "Сорт и урожай", 21 дек. 1971 г.).
Всевозможные препятствия в работе создавались коллегам и последователям Т. Д. Лысенко. Профессор А. Н. Студитский с возмущением писал об установившемся "режиме террора по отношению к учёным, пытающимся в вопросах наследственности и развития опираться больше на свой исследовательский опыт, нежели на навязываемую доктрину". Велась борьба, как писал сам Т. Д. Лысенко, "в направлении уничтожения всех возможностей для моих сторонников научныхработ и практических предложений".
Регулярно дискредитировалась личность Т. Д. Лысенко. В публицистических статьях и книгах либералов-космополитов он изображался в негативных или карикатурных тонах, обвинялся в организации политических репрессий против своих научных оппонентов.
При этом на всевозможные клеветнические инсинуации ни сам Лысенко, ни лица, знавшие истинное положение дел, не имели никакой возможности ответить. Как писал Ф. Моргун, "в том, что Т. Д. Лысенко — честный, высокопорядочный человек, большой учёный, который много сделал для советской и мировой сельскохозяйственной науки, глубоко были убеждены академики Ремесло, Кириченко, Лукьяненко, Пустовойт, Мальцев — его ученики. Они мне многократно говорили лично, что глубоко уважали Трофима Денисовича, без его поддержки и помощи не состоялись бы как учёные, и когда началась травля Лысенко, они писали письма в его защиту в ЦК КПСС, газеты "Правда", "Сельская жизнь", "Известия", но их не печатали, ни объяснений, ни ответов не давали… Об интересном эпизоде, который случился с ним в 80-е годы прошлого века, рассказал мне директор Института земледелия Украинской академии аграрных наук, академик В. Сайко. Как-то в те времена он в интервью с иностранными корреспондентами одобрительно отозвался о Трофиме Денисовиче. Не успели выйти из печати материалы беседы, как академик получил телефонные звонки от высоких руководителей аграрной науки Москвы и Киева и представителей КГБ <!>, которые предупреждали о недопустимости таких "выходок" в будущем".
В общем, в 1960-70-х гг. против Т. Д. Лысенко велась настоящая тотальная информационная война "на уничтожение", о которой он сам писал: "Я поставлен в положение вне закона. Кто угодно может обо мне говорить и писать, что ему заблагорассудиться, любую ложь и клевету обо мне вбивать в головы общественности как правду".
Развернув кампанию диффамации и морального террора в отношении как представителей мичуринской биологии, так и любых попыток непредвзятого исследования истории генетики в СССР, самозваные "судьи" — многие из которых происходили из семейных кланов "необоснованно репрессированных старых большевиков", организаторов массовых убийств, ГУЛАГа и Голодомора — объявили свои клеветнические инсинуации "приговором истории".