Следствие. 6 августа 1940 года Н. Вавилов, находившийся в командировке в Западной Украине, был арестован. Ему были предъявлены обвинения во вредительстве — "подрыве и запутывании семенного и селекционного дела", "установках заниматься отвлечёнными, научно-теоретическими вопросами, заниматься изучением культур, не могущих быть применяемыми даже в ближайшее время в хозяйстве СССР", в организации "антисоветской группы", а также в шпионаже.
В течение двух недель после ареста Вавилов отрицал предъявленные ему обвинения. Положение изменилось, когда следователь зачитал Вавилову ряд показаний его друзей и коллег, подтверждавших версию следствия. После этого Вавилов на нескольких допросах дал показания, что его деятельность могла быть интерпретирована как вредительство — сознательное нанесение ущерба экономике страны. Он также дал показания о якобы вредительской деятельности некоторых своих друзей и коллег по ВИРу (в том числе Г. Д. Карпеченко и Л. И. Говорова), которые вскоре после этого были арестованы и репрессированы. Версию следствия о шпионаже Вавилов не признал.
После почти годичного следствия, дело Вавилова было передано в суд. 9 июля 1941 года Военная коллегия Верховного суда СССР признала Вавилова виновным во всех предъявленных ему обвинениях. Ходатайство осуждённого о помиловании было отклонено, но приговор в действие не приведён. Через некоторое время, по распоряжению Берии, он был заменён на двадцатилетнее тюремное заключение. В Саратовской тюрьме Вавилов находился в одной камере с философом-марксистом Лупполом, чья стремительная карьера в 1920-х — начале 30-х гг., равно как и судьба в последующее время, были до некоторой степени сходными с его собственными.
Реабилитация. 20 августа 1955 года Военная коллегия Верховного суда СССР, та самая инстанция, которая четырнадцать лет назад вынесла Н. Вавилову обвинительный приговор, реабилитировала его. По представлению Главного Военного прокурора было принято постановление: "приговор Военной коллегии Верховного суда СССР от 9 июля 1941 г. в отношении Вавилова Николая Ивановича отменить по вновь открывшимся обстоятельствам и дело о нём производством прекратить за отсутствием состава преступления".
Примерно в то же время ВК ВС отменила приговоры и партийно-политическим покровителям Вавилова (как и ряду других репрессированных в 1937-38 гг. номенклатурных работников): 13 марта 1954 г. был реабилитирован (ещё и восстановлен в Академии наук) Горбунов, один из организаторов Соловецкого концлагеря; 5 января 1957 г. был реабилитирован (ещё и восстановлен в партии) нарком коллективизации и Голодомора Яковлев. Для сравнения: выдающиеся русские учёные-сельскохозяйственники — Н. Д. Кондратьев и другие — осуждённые по делу т. н. "Трудовой Крестьянской партии" (участие в которой инкриминировалось Вавилову) были реабилитированы лишь в 1987 г.; через 32 года после реабилитации Вавилова! Сходным образом и родственникам русских инженеров, учёных, священников, погибших в Соловецком лагере, крестьян, расстрелянных во время коллективизации, пришлось дожидаться реабилитации больше четверти века.
Публикация архивных документов дела Вавилова позволила ответить на многие возникавшие в 1960-90-х гг. неясные или спорные вопросы. Например, в ряде тогдашних статей и книг представителей демократической интеллигенции встречалось утверждение, что Н. Вавилов "был репрессирован за его научные взгляды". Из приводимых ниже документов видно, что это утверждение являлось чистой фальсификацией. На допросах Вавилову инкриминировались, прежде всего: растрата крупных средств, увод научных исследований в области сельского хозяйства от решения практически нужных стране задач, организация антисоветской (имелось в виду антисталинской) группы.
Хотя в Справке НКВД на Вавилова имелись упоминания о "продвижении Вавиловым заведомо враждебных теорий" и о его "борьбе против передовых работ Лысенко, Цицина, Мичурина", однако они никакой существенной роли в "деле Вавилова" не играли. Вполне понятно, что на потенциального подследственного собиралась любая компрометирующая его информация — в той же Справке можно прочесть и что "Вавилов имеет вклады за границей", и что он "читал лекции за рубежом", и т. д. (см. ниже). Но все эти материалы имели совершенно второстепенное значение по сравнению с такими показаниями на Вавилова, собранными в досье ОГПУ-НКВД: "По адресу товарища СТАЛИНА иначе как в контрреволюционном клеветническом тоне ВАВИЛОВ не говорит" и тому подобными (см. Справку НКВД ниже).
Далее, в ряде статей и книг представителей демократической интеллигенции участие в аресте и осуждении Н. Вавилова приписывалось его основному научному оппоненту — Т. Д. Лысенко. Из приводимых ниже документов видно, что Лысенко не имел никакого отношения к аресту Вавилова. Это отмечал профессор В. И. Пыженков: "Просмотрите труды Т. Д. Лысенко. Полемических публикаций много, но никогда Лысенко не превращал спор в политические спекуляции". Об этом же свидетельствовала и А. И. Ревенкова, находившаяся под следствием одновременно с Вавиловым; позже его биограф. (См. ниже письмо А. И. Ревенковой Л. И. Брежневу). Кто именно давал показания о "вредительской деятельности Вавилова", можно увидеть из приведённых ниже архивных документов.
Наконец, нельзя не отметить, что некоторые публицистические статьи и книги 1960-90-х гг. представителей демократической интеллигенции представляли собой прямое и явное contradi^^ in adjecto: потомки и родичи основателей ЧК и ГУЛАГа, организаторов массовых убийств и Голодомора брали на себя роль "моральных цензоров": осуждали "злодеяния режима", полностью замалчивая деятельность своих родственников; даже не упоминая их фамилий! Подобная "логика", впрочем, была характерной для всех публикаций этих лиц.