В своей работе русские селекционеры пользовались не только организационной поддержкой президента ВАСХНИЛ Т. Д. Лысенко, но и разработанными им агротехническими приёмами. Например, сорт озимой пшеницы Мироновская 808 был создан В. Н. Ремесло преобразованием из яровой на основе теоретических исследований Т. Д. Лысенко. Д. А. Долгушин на своём 80-летнем юбилее заявил, что своими успехами в селекции он обязан теории стадийного развития и другим разработкам академика Т. Д. Лысенко. "Преданным учеником Лысенко, высоко чтившим его до конца своих дней, был и Павел Пантелеймонович Лукьяненко, пожалуй, наш самый талантливый и плодовитый селекционер" (И. А. Бенедиктов).
Следует ещё отметить, что, являясь президентом ВАСХНИЛ и руководя, таким образом, всеми селекционными и сортоиспытательными работам страны, Т. Д. Лысенко не разрешал включать своё имя в список авторов сортов — даже таких, при создании которых использовались его теоретические разработки и накопленный селекционный материал. Эту его научную честность и бескорыстие отмечали даже оппоненты мичуринцев.
Травополье. В довоенное время В. Р. Вильямс предложил ввести, для улучшения структуры почв и повышения их плодородия, травопольную систему земледелия. Предложение Вильямса, не требовавшее больших затрат, но дававшее положительный сельскохозяйственный и природоохранный эффект, было одобрено И. В. Сталиным. Т. Д. Лысенко поддерживал эту систему, критикуя, впрочем, отдельные её недостатки. Противоположной травополью была программа агрохимиков, возглавлявшихся академиком Прянишниковым, выступавших за применение химикатов как основной метод повышения урожайности и плодородия почв.
Биологические методы борьбы с вредителями. Они заключались в разведении тех насекомых или животных, которые являлись естественными врагами вредителей. Например, врагом тли является божья коровка. Значит, чтобы уничтожить тлю, не обязательно поливать растения химикатами, а достаточно выпустить на поле божьих коровок. Т. Д. Лысенко и его коллеги создавали специальные станции для разведения естественных врагов вредных насекомых. Другой пример: естественными врагами свекловичного долгоносика являются куры и индюшки. Лысенко предложил использовать их для уничтожения долгоносика на посадках свеклы (ещё в начале 1940-х гг.).
Гнездовые посевы. Для проекта создания системы крупных государственных лесополос, входившего в т. н. "Сталинский план преобразования природы", Т. Д. Лысенко предложил методику гнездовых посевов семян. Согласно этому предложению, семена дуба и других лесных пород высевались "конвертами" — в вершинах и центре квадратов со стороной около 3 метров; 7–8 семян в каждую лунку. Лысенко утверждал, что такой способ посева позволит создать более выносливые и устойчивые лесонасаждения. Теоретической основой гнездового посева семян был предложенный им закон жизни биологического вида, согласно которому внутривидовые отношения "не подходят ни под понятие борьбы, ни под понятие взаимопомощи, а направлены на обеспечение существования и процветания вида".
После опытной проверки, предложенная Т. Д. Лысенко методика стала широко применяться на значительной части площадей создаваемых лесополос. Лесные посадки, созданные с помощью гнездового посева, и сегодня можно видеть во многих местах России и Украины.
Создание стада жирномолочных коров. С конца 1940-х гг. одной из приоритетных задач Т. Д. Лысенко стало создание, на базе экспериментальной фермы "Горки Ленинские", стада жирномолочных и высокопродуктивных коров. Отечественные породы коров были в то время, в основном, жидкомолочными (около 3 % жирности). Повышенную жирность (5–6 %) имела завозная джерсийская порода, однако у неё была низкая продуктивность и малый вес. Лысенко предложил скрещивать джерсийских быков с коровами отечественных пород, одновременно давая коровам усиленное питание. Он утверждал, что в этом случае развитие зародыша пойдёт по мелкоплодной, но жирномолочной джерсийской породе, поскольку, согласно закону жизни биологического вида, это обеспечит выживание большего числа телят. (Крупные телята нередко погибали при отёлах). В результате почти 25-летней работы Т. Д. Лысенко с сотрудниками создали в "Горках Ленинских" уникальное стадо жирномолочных (около 5 %) и высокоудойных (около 5 тыс. кг) коров. Потомки этих коров поставлялись в хозяйства Подмосковья, в другие регионы России и союзных республик, где значительно улучшали показатели надоев молока.
Экологический подход. Т. Д. Лысенко предпочитал комплексное, синтетическое рассмотрение проблем. В его теоретических исследованиях это выражалось в стремлении рассматривать живые организмы, их "наследственную основу" и внешнюю среду как взаимосвязанные системы. В практической деятельности — в экологическом подходе, требовании не только повышать урожайность, но делать это естественными методами и с максимально бережным отношением к природе. К химизиции почвы, применению пестицидов в сельском хозяйстве его отношение было сдержанным.
К экологическим методам повышения урожайности, в разработке которых Т. Д. Лысенко принимал участие, можно было отнести: развитие травопольной системы, создание лесозащитных полос, использование естественных врагов вредителей.
В селекционном деле Т. Д. Лысенко предлагал применять метод направленного изменения наследственности растений путём изменения их условий жизни ("воспитание растений", в его терминах) и отрицательно относился к приёмам прямого воздействия (химического, радиационного) на генетический аппарат, создававшего неестественные, уродливые формы растений. В частности, Т. Д. Лысенко критиковал применение его оппонентами, вейсманистами, яда колхицина для создания полиплоидных форм растений. Несомненно, что и нынешние работы по созданию трансгенных растений, употребление которых в пищу имеет непредсказуемые последствия для здоровья людей, а распространение на полях — для природы, не вызвали бы его одобрения.