Противоположная сторона, тем временем, усилила скрытую пропагандистскую работу среди учёных и общественности. Уже тогда в ней начали применяться приёмы, столь характерные для кампании диффамации против Лысенко и мичуринцев в 1960-80-х гг. Например, делалось следующее. Сначала среди "своих" и как бы под секретом распространялись слухи о сотрудничестве Лысенко с НКВД, о его причастности к арестам ВИРовцев в 1930-х гг., в том числе к аресту Вавилова. Затем на это намекалось в разговорах или публичных выступлениях. Избежать этого ядовитого информационного воздействия могли только те, кто хорошо разбирался в приёмах идеологической войны, чёрной и серой пропаганды — но таких было не слишком много. Именно поэтому либерально-космополитической "группе поддержки" вейсманистов постепенно удалось не только склонить на свою сторону часть общественности, но и вовлечь в свою деятельность немалое число учёных-патриотов. Так, например, коллективное письмо против Т. Д. Лысенко в ЦК КПСС в 1955 году подписали не одни лишь представители "демократической интеллигенции", но и выдающиеся русские учёные, среди которых был даже академик И. М. Виноградов.
После марта 1953 года общество в своём отношении к "проблемам биологии" (которые, собственно, были больше проблемами идеологии) разделилось на две части: небольшую, но тесно сплочённую и очень энергичную группу либеральной интеллигенции, сочетавшую громкие восхваления в адрес своих протеже с призывами к "единству мировой науки", а партийно-политические интриги с диффамацией оппонентов, и "молчаливое большинство", постепенно теряющее как понимание сути происходящего, так и интерес к этой теме.
После сессии ВАСХНИЛ 1948 года мичуринцы, в соответствии с основной целью своей программы, продолжили изучение методов направленного изменения наследственности растений путём изменения их условий жизни. Наиболее значительным достижением мичуринской биологии стало создание в 1950-60-х гг. В. Н. Ремесло на Мироновской станции высокоурожайных сортов озимых пшениц преобразованием из яровых с помощью изменения температурного режима.
Вейсманисты, чьи финансовые возможности после сессии 1948 года сильно уменьшились, а большинство программ было приостановлено, продолжали изучать физико-химические, молекулярные механизмы наследственности и ставить опыты по прямому воздействию на генетический аппарат разных мутагенов, прежде всего радиоактивных веществ. Т. Д. Лысенко относился к этим экспериментам отрицательно.
И по научным, и по методологическим, и по мировоззренческим принципам оба направления, с течением времени, всё дальше расходились между собой.
Общество; идеология; наука
Направление развития науки определяется целями, которые ставят перед собой социальные системы, обеспечивающие деятельность учёных в обмен на выдачу теми некоторых интеллектуальных продуктов. В зависимости от тех или иных целей социальных систем, в них получают развитие те или иные области научного знания. Постановка целей ведёт к разработке соответствующего понятийного аппарата; поиску законов Природы, действующих в данной предметной области; построению научных теорий; в конечном счёте — определению способов достижения этих целей. Таким образом, поставленные обществом цели и задачи определяют путь развития науки. Например, социальная система, ставящая перед собой как одну из целей производство качественных продуктов питания для всего народа, будет развивать области биологических и сельскохозяйственных наук, способные решать такие задачи. С другой стороны, в олигархических системах, особенно тех, которых проповедуют существование ценных людей и наследственных рабов, будут ставиться задачи массового производства дешёвой фальсифицированной или трансгенной продукции для "низших классов" и развиваться отрасли науки, содействующие решению этих задач. На определение направлений научного развития в социальной системе оказывает влияние господствующая в ней идеология, поскольку идеология представляет собой понятия и идеи, ведущие к достижению заданных социальной системой целей.
Формы заказов на научные исследования со стороны социальных систем могут быть разнообразными. Так, в сталинском СССР направления научных исследований, как правило, определялись руководством страны прямо и непосредственно — административно. На Западе заказы от финансово-политической олигархии на развитие тех или иных научных направлений являются, как правило, опосредованными — через гранты и субсидии от фондов — и соответствующие направления научных разработок либо поощряются, либо отсекаются олигархией (через экспертов в фондах) экономически.
Опосредованность социальных заказов на научное развитие может порождать иллюзию "независимости науки от общества", которая нередко используется в пропагандистских целях, в борьбе-конкуренции разных социальных систем. Например, после августовской сессии ВАСХНИЛ многие западные генетики-вейсманисты, недовольные её итогами, выступили с заявлениями, что "наука в СССР не свободна", что она является "прислужницей правительства". Но они не объясняли, насколько они сами "свободны" от тех, кто даёт им заказы и гранты, и не сказали, почему для науки хуже быть прислужницей правительства Сталина, чем финансово-политической олигархии Запада. В 1948 году последний вопрос был тем более актуальным, что совсем недавно на Японию были сброшены атомные бомбы — по приказу не Сталина, а Трумэна, и по совету не "прислужников правительства" а "свободных учёных": "четверо видных учёных, входивших в состав правительственного совета по ядерным делам, Комптон, Лоуренс, Оппенгеймер, Ферми, рекомендовали использование атомной бомбы в войне против Японии".