В итоге, в ноябре 1947 года А. Жебраку, главному организатору зарубежной линии давления на Т. Д. Лысенко, пришлось каяться за "низкопоклонничество перед Западом" на суде чести, состоявшемся в Министерстве высшего образования.
Продолжение кампании против Лысенко. Внутри страны, однако, давление на Т. Д. Лысенко и мичуринцев продолжалось. Оно достигло своего максимума в апреле 1948 года. Вейсманистам удалось привлечь на свою сторону Ю. Жданова, назначенного 1 декабря 1947 года зав. сектором науки УПиА ЦК ВКП(б). "Начавработу в секторе науки, я в первую очередь столкнулся с обстановкой в области биологии. На беседу потянулись многие учёные…" (Ю. Жданов). Приняв сторону оппонентов Лысенко, Ю. Жданов 10 апреля 1948 года выступил перед партийными лекторами в Политехническом музее с большим докладом на тему: "Спорные вопросы современного дарвинизма". В этом выступлении, имевшем характер инструктажа, он раскритиковал и теоретические взгляды Лысенко и его практическую деятельность. Самому Лысенко в разрешении присутствовать на выступлении Ю. Жданова было отказано, под тем предлогом, что это партийное мероприятие, а он в партии не состоит. Лысенко смог прослушать разгромное выступление своего молодого критика, химика по специальности, только в соседнем помещении через репродуктор.
Согласно партийной практике, лекторы, проинструктированные представителями Управления пропаганды и агитации ЦК ВКП(б), должны были далее разнести "официальную точку зрения партии", так сказать, в "гущу масс". То есть, карьера Лысенко, если бы такое произошло, фактически бы закончилась, потому что развернуть набравшую темп машину партийной пропаганды было непросто и Сталину.
Позиция Сталина. Работы Т. Д. Лысенко, направленные на повышение урожайности в сельском хозяйстве, неизменно поддерживались в 1930-40-х гг. руководством страны и лично И. В. Сталиным. Мировоззренческая позиция Сталина также не изменилась с 1930-х годов — он по-прежнему одобрял идеи направленного изменения наследственности, отстаивавшиеся мичуринцами, и критически относился к доктринам Вейсмана. В октябре 1947 года, в разговоре с Ю. Ждановым перед назначением его на должность в отделе науки УПиА, Сталин сказал: "Большая часть представителей биологической науки против Лысенко. Они поддерживают те течения, которые модны на Западе. Это пережиток того положения, когда русские учёные, считая себя учениками европейской науки, полагали, что надо слепо следовать западной науке и раболепно относились к каждому слову с Запада".
Однако Сталин был не очень высокого мнения об организационных талантах Лысенко. В той же беседе он заметил Ю. Жданову: "Я ему <Лысенко> говорю: какой Вы организатор, если Вы, будучи президентом Сельскохозяйственной академии, не можете организовать за собой большинство".
Лысенко и сам, впрочем, осознавал свою слабость в борьбе с многочисленными противниками. В конце октября 1947 года, осаждаемый с разных сторон, он обратился к Сталину с просьбой о помощи:
"Дорогой Иосиф Виссарионович!
… Если мичуринские теоретические установки, которых мы придерживаемся и на основе колхозно-совхозной практики развиваем, в своей основе правильны, то назрела уже необходимость нашим руководящим органам образования и сельского хозяйства сказать своё веское слово, внести резкий перелом в дело воспитания наших кадров биологов, агрономов и животноводов.
Метафизическое учение о живых телах — морганизм-менделизм, вейсманистский неодарвинизм преподается во всех вузах, мичуринское же учение — советский дарвинизм почти нигде не преподается.
Прошу Вас, товарищ СТАЛИН, помочь этому хорошему, нужному для нашего сельского хозяйства делу".
Ответное письмо Сталина, написанное 31 октября 1947 года, было благожелательным, но неопределённым:
" Уважаемый Трофим Денисович!
Вашу записку от 27. Х.47 г. получил. Большое Вам спасибо за записку…
Что касается теоретических установок в биологии, то я считаю, что мичуринская установка является единственно научной установкой. Вейсманисты и их последователи, отрицающие наследственность приобретенных свойств, не заслуживают того, чтобы долго распространяться о них. Будущее принадлежит Мичурину.
С уважением И. Сталин"
Сталин, по-видимому, в это время не особенно внимательно следил за положением в биологической науке и вокруг неё. Однако выступление Ю. Жданова 10 апреля 1948 года всё сильно поменяло.
17 апреля 1948 года Т. Д. Лысенко направил И. В. Сталину и А. А. Жданову письмо, в котором говорил, что он готов отказаться от президентства в ВАСХНИЛ и просил предоставить ему условия для работы по развитию мичуринской биологии для колхозно-совхозной практики. Министру сельского хозяйства И. А. Бенедиктову он послал заявление с просьбой об освобождении с поста президента ВАСХНИЛ.
Получив письмо Лысенко и узнав о лекции Жданова, Сталин понял, что дело зашло слишком далеко. Что Лысенко вот-вот "съедят", и руководство сельским хозяйством страны перейдет к рокфеллеровским стипендиатам, "специалистам мирового уровня по дрозофиле" и "улучшателям евгенических качеств граждан" — то есть, развалится.
Как и в других случаях, ответ Сталина на попытку вынудить его принять решение, идущее вразрез с интересами страны, был очень резким. Итогом неуклюжих действий вейсманистов на этот раз стал их полный административный разгром — удаление с большинства занимавшихся ими управленческих постов в науке и преподавании.