Вместе с тем, выдвижение в мичуринской биологии на первый план положений о прямом влиянии внешней среды/условий жизни на адаптивные изменения наследственности понижало значение естественного отбора, как косвенной причины таких изменений. Ведь если изменения во внешней среде непосредственно изменяют наследственность, приспосабливая организм к новым условиям, то нет необходимости привлекать для объяснения этой приспособленности ещё и естественный отбор; во всяком случае его роль существенно снижается.
Дарвин и сам понимал, что признание возможности направленного изменения наследственности и наследования приобретённых признаков уменьшает значимость естественного отбора, как фактора, объясняющего целесообразность в природе, приспособленность живых существ к внешней среде. Он предлагал считать естественный отбор основным фактором приспособленности, а прямое влияние внешней среды на наследственность и наследование приобретённых признаков — второстепенными. В мичуринской биологии, однако, дела фактически обстояли обратным образом.
Мало того, представления о прямом влиянии внешней среды/условий жизни на адаптивные изменения наследственности не только уменьшали значимость естественного отбора в природе, но и ставили под вопрос концепцию "эволюции" в её традиционном понимании — как усложнения организмов. В самом деле, если основным фактором изменчивости организмов является приспосабливающий отклик на изменение внешних условий, то ниоткуда не следует, что такая изменчивость обязательно должна быть усложняющей.
Таким образом, теория направленных изменений наследственности (мичуринская биология), развивавшаяся Лысенко, являлась потенциально конфликтной с основными, наиболее важными представлениями дарвинизма — естественным отбором и эволюцией.
Далее, критика со стороны Т. Д. Лысенко концепции случайных мутаций и использования понятия "случайность" в научных теориях, хотя и была направлена против вейсманизма, задевала также и дарвинизм, где изменчивость организмов, на которую действовал отбор, имела неопределённый-"случайный" характер.
Вполне понимая эти обстоятельства, Т. Д. Лысенко характеризовал свою систему как творческий дарвинизм, развивающий собственно дарвиновскую теорию и преодолевающий некоторые её недостатки. Впрочем, даже если бы Лысенко пришёл к заключению о сомнительности дарвинизма как науки, вступить с ним в принципиальную полемику он бы не смог по идеологическим соображениям.
Дарвиновская теория происхождения видов являлась умозрительной, не имевшей опытных подтверждений, гипотезой, переносившей выводы, сделанные Дарвиным на основе изучения разновидностей, на виды. Больше того, против неё были выдвинуты серьёзные возражения: отсутствие предполагаемых ископаемых переходных форм между видами, исчезающе малые значения вероятности дарвиновских "неопределённых изменений" наследственности, которые могли бы преобразовать один вид в другой, и т. д.
Тем не менее, теория Дарвина быстро завоевала симпатии многих биологов и учёных других специальностей. Причину этого указал ещё в XIX веке Н. Я. Данилевский: дарвинизм являлся не научной, а идеологической доктриной, соответствовавшей духу времени; он представлял собой "купол на здании механического материализма". Дарвинизм, по выражению Данилевского, "подвёл органический мир под общее материалистическое воззрение";
в частности, дал объяснение наблюдаемой в природе целесообразности, не прибегая к идеальному началу, Богу. Этим и объяснялся его стремительный успех в кругах либерально-атеистической интеллигенции Запада.
Дарвинизм был восторженно принят той же интеллигенцией и в России. Больше того, он здесь нашёл, можно сказать, вторую родину (как и марксизм). Книга Дарвина несколько раз переводилась на русский язык; известные профессора пропагандировали её в своих лекциях и печатных публикациях; либеральная пресса широко рекламировала "новое передовое учение". Попытки критического анализа дарвинизма встречались прогрессивной общественностью в штыки; их авторам сразу же навешивались ярлыки "обскурантов", "мракобесов", "черносотенцев", "врагов прогресса" — что дополнительно свидетельствовало об идеологическом значении дарвинизма.
В Советской России дарвинизм фактически занял положение партийной доктрины. Во-первых, его атеистический и материалистический дух вполне соответствовал такому же духу марксизма. Во-вторых, о нём неоднократно очень лестно отзывались классики марксизма-ленинизма.
В советских вузах были образованы кафедры дарвинизма (как и кафедры марксизма, или диалектического и исторического материализма), а многочисленные идеологические цензоры, штатные и добровольные, бдительно следили за соответствием высказываний учёных-биологов дарвинистским положениям.
Впрочем, постоянная пропаганда дарвинизма в советском обществе, начиная со школьных программ и заканчивая академическими изданиями, изображение набора гипотез как несомненно доказанных фактов, подача материала в наукообразной форме, ссылки на мнения авторитетов и прочее подобное делали своё дело и без внешней цензуры. Подавляющее большинство биологов в Советской России искренне провозглашало дарвиновскую теорию "происхождения видов" бесспорной истиной, сомневаться в которой могут только тёмные, невежественные, "находящиеся вне науки" лица.
Т. Д. Лысенко также считал себя приверженцем и продолжателем дарвинизма вполне непритворно. Методы мичуринской биологии, по его мнению, являлись развитием и практическим приложением дарвиновского учения об эволюции. А именно: направленное изменение наследственности естествоиспытателем можно было рассматривать как продолжение эволюционного процесса в живой природе, только совершаемое уже сознательно. В частности, такое значение Лысенко придавал экспериментам Мичурина. "Мичурин… показал, что, направляя индивидуальное развитие организма в определённом направлении, мы тем самым можем сознательно направлять эволюцию".