Лысенко также отвергал утверждение о независимости расщепления признаков от внешней среды, и считал, что менделевским соотношением можно управлять. "Мы не отрицаем 1:3, мы отрицаем, что нельзя управлять этим соотношением" (Агробиология", стр. 194–195; "Спорные вопросы…", стр. 36).
Отношение к хромосомной теории наследственности. Лысенко признавал особую роль в передаче наследственных признаков хромосом. "Верно, что хромосомы существуют. В половых клетках число их в два раза меньше, чем в обычных. При наличии половых клеток с теми или иными хромосомными изменениями из этих клеток получаются изменённые организмы. Правильно, что те или иные видимые, морфологические изменения данной изученной хромосомы клетки часто, и даже всегда, влекут за собой изменения тех или иных признаков в организме. Доказано что наличие двух X-хромосом в оплодотворенном яйце дрозофилы обычно решает вопрос выхода из этого яйца самки, а не самца. Все эти факты, как и другие фактические данные, верны" ("Генетика").
Признавал он и концепцию "гена" как внутреннего фактора наследственности. "Не прав также акад. Серебровский, утверждая, что Лысенко отрицает существование генов. Ни Лысенко, ни Презент никогда существования генов не отрицали" ("Агробиология" стр. 195).
Однако некоторые ключевые положения господствовавшей в его время хромосомной теории Моргана он не признавал.
Внехромосомная наследственность. Прежде всего, Лысенко отказывался признавать хромосомы единственными носителями наследственности, как это утверждала хромосомная теория Моргана. Примером внехромосомной передачи наследственных свойств он считал вегетативную гибридизацию — прививку одного растения на другом, при которой комбинированные признаки от обеих передавались в их семенном потомстве. Существование таких гибридов означало возможность передачи некоторых наследственных свойств без участия хромосом, поскольку при прививке растения обмениваются между собой лишь пластическими веществами. "Из имеющихся материалов нам становится ясным, что изменять породу, объединять наследственные свойства одной и другой породы можно и без "перехода" хромосом этих пород, т. е. без непосредственной передачи хромосом от одной породы к другой. Ведь при вегетативной гибридизации, как я уже говорил, хромосомы из подвоя в привой или наоборот не "ходят", а свойства наследственности могут передаваться и путем обмена пластических веществ" ("Агробиология", стр. 290). "Подвой и привой не могли обмениваться хромосомами ядер клеток, и всё же наследственные свойства могут передаваться из подвоя в привой и обратно. Следовательно, пластические вещества, вырабатываемые привоем и подвоем, также обладают свойствами породы, т. е. наследственности. Большой фактический материал по вегетативной передаче различных признаков картофеля, помидоров и ряда других растений приводит к выводу, что вегетативные гибриды принципиально не отличаются от гибридов, получаемых половым путем. Любой признак можно передавать из одной породы в другую посредством прививки так же, как и половым путем. Поведение вегетативных гибридов в последующих поколениях также аналогично поведению половых гибридов. При посеве семян вегетативных гибридов без дальнейшей прививки, например, помидоров, гибридные свойства растений предыдущего поколения получаются и у растений последующих поколений" ("Генетика"; "Агробиология", стр. 288–290).
Получение вегетативных гибридов противоречило положениям хромосомной теории Моргана. "Ведь не секрет же и для представителей менделизма-морганизма, что если возможны вегетативные гибриды, то тогда от так называемой моргановской хромосомной теории наследственности остаются только одни хромосомы, а вся теория, т. е. морганизм, отпадает… Понятно, что с этим положением менделисты-морганисты не могут согласиться, не порвав с основой их учения, с так называемой хромосомной теорией наследственности. Если допускать, что наследственность, как они говорят, находится только в хромосомах, то как же объяснить факты передачи наследственных свойств путем обмена питательными пластическими веществами между привитыми компонентами?" ("Агробиология", стр. 284, 289).
Отсюда следовали выводы: "(любая частица живого вещества, даже) пластические вещества, вырабатываемые привоем и подвоем, также обладают свойствами породы, т. е. наследственности". "Наследственные свойства можно передавать из одной породы в другую и без непосредственной передачи хромосом" (Из выступления на дискуссии 1939 г.; "Генетика"; "Агробиология", стр. 289–290).
Понятие наследственности. В хромосомной теории наследственность считалась свойством хромосом, вещества наследственности, определяющего, в процессе развития организма, те или иные его наследственные признаки, но не подверженного влиянию на организм условий жизни — не меняющего своей структуры в процессах жизнедеятельности, обмена веществ.
Мичуринская биология считала такое представление о наследственности, отделяющее её от основного признака живого организма — взаимодействия с внешней средой — ошибочным; "наследственность есть свойство существа, а не вещества" (Лысенко).
Лысенко предлагал определять наследственность как "свойство живого тела требовать определённых условий для своей жизни, своего развития и определенно реагировать на те или иные условия" ("О положении…"., "Агробиология", стр. 432, 562). По его представлениям наследственность представляла собой "концентрат условий <воздействий> внешней среды, ассимилированных растительными организмами в ряде предшествовавших поколений" ("Генетика").