Изучение физико-химических механизмов влияния изменений внешней среды на хромосомы Лысенко считал менее важным по сравнению с изучением, в том числе чисто эмпирическим, влияния этих изменений на наследуемые признаки. Появление изменённых признаков в потомстве растений могло свидетельствовать о том, что произошло определённое воздействие изменившихся условий жизни/внешней среды на наследственность, что позволяло, при повторении таких явлений, сформулировать биологический закон этого воздействия.
Вейсманисты отрицали возможность определённого воздействия изменений внешней среды/условий жизни на наследственность. По их мнению, изменения-мутации генов, даже происходящие при вполне определённых воздействиях внешней среды, являлись неопределёнными-"случайными".
Т. Д. Лысенко считал этот вопрос главным пунктом расхождения между мичуринской биологией и вейсманизмом. "Центральным пунктом расхождения мичуринского учения и учения генетиков мендели-стов-морганистов является признание одними (мичуринское учение) изменений и направленности этих изменений в зависимости от условий жизни и абсолютное отрицание другими (менделизм-морганизм) зависимости качества, направленности изменений от условий жизни, от питания, в общем, от условий внешней среды" ("Агробиология", стр. 295).
Направленное изменение наследственности. Если наследственность организма меняется при изменении его условий жизни по некоторым (познаваемым) законам, а не "случайно", то, найдя эти законы, например, установив их эмпирически, можно было бы менять наследственность целенаправленно.
Лысенко неоднократно утверждал возможность направленного изменения наследственности растений или животных путём воздействия на их условия жизни, "воспитания", в его терминах. "Управляя условиями жизни, создавая нужные условия, можно всё в большей и большей степени управлять, создавать нужную нам природу, то есть наследственность растительных и животных организмов" ("Агробиология", стр. 414; "Генетика").
Сходных взглядов на принцип "переделки наследственности" придерживались и коллеги Лысенко:
"Не всякое изменение внешней среды и не всегда приводит к изменению наследственных свойств. Нужно знать, какие именно условия, когда и в какой момент развития организма их нужно подставить растению, чтобы вызвать сдвиг <наследственности> в нужном направлении" (Д. А. Долгушин).
"Принцип переделки растений путём соответствующего их воспитания можно сформулировать в наиболее общем виде так: узнай, какие условия принимали участие в формировании генотипа растения, и ты сумеешь, воспитывая в известных тебе условиях, определённым образом изменить генотип растения в будущем" (М. Ольшанский).
В качестве примеров экспериментально полученных направленных изменений наследственности растений Лысенко приводил: 1) преобразование яровой пшеницы в озимую путём изменения сроков её посева; 2) вегетативную гибридизацию — изменение наследственных признаков растения путём его прививки к другому. В первом случае определённое изменение наследственных признаков происходило в результате определённого изменения температурного режима; во втором — в результате изменения режима питания.
К возможности направленного получения хозяйственно-ценных признаков путём прямого воздействия на хромосомы мутагенов, с которыми работали в 1930-40-х гг. вейсманисты — химических и радиоактивных веществ — Лысенко относился скептически: "Мы, мичуринцы, никак не можем отрицать действия этих веществ. Ведь мы признаём действие условий жизни на живое тело. Так почему же мы должны не признавать действия таких резких факторов, как рентгеновские лучи, или сильнейшего яда колхицина и других. Мы не отрицаем действия так называемых мутагенных веществ, но настойчиво доказываем, что подобного рода воздействия, проникающие в организм не через его развитие, не через процесс ассимиляции и диссимиляции, лишь в редких случаях и только случайно могут привести к полезным для сельского хозяйства результатам. Это не путь планомерной селекции, не путь прогрессивной науки" ("О положении…".; "Агробиология", стр. 576). Об опытах вейсманистов по созданию полиплоидных форм растений с помощью колхицина Лысенко отзывался отрицательно: "Действием на растения сильнейшего яда — колхицина, разнообразными другими мучительными воздействиями на растения, они уродуют эти растения… Ничего практически ценного в этих работах пока не получено".
Сходным образом оценивали эксперименты по применению в качестве мутагенов радиоактивных и химических веществ и его коллеги:
"Существующие методы искусственного получения мутаций — это просто-напросто насильственные операции, ведущие к ненормальным изменениям в самых важных частях организма — половых клетках. Такие мутации, на наш взгляд, ненормальные, дефектные изменения организма, получаемые в результате воздействия на него (не являющимися необходимыми для развития организма) физическими и химическими агентами. Проще говоря, уродство организма, только в большей или меньшей степени" (Д. А. Долгушин).
"С мутагенными веществами мы давным-давно знакомы… Говорят, что это химическое вещество уже вызывает в большом количестве мутации. Это как будто хорошо: большое количество мутаций. А ведь по существу, что это такое? Если бы этого "большого количества" вообще не существовало, было бы ещё лучше, потому что все организмы, полученные этим путем, — один лишь брак, уроды!.. В книге академика Шмальгаузена "Факторы эволюции" даётся сводка огромного количества нежизнеспособных мутаций. Какое основание думать, что новые мутации, полученные под влиянием нового мутагенного вещества, другой природы? Наоборот, есть все основания думать, что они той же природы'' (Г. А. Бабаджанян).